Wanneer het licht door de wereldberoemde gebrandschilderde ramen valt, is direct duidelijk wat de Sint-Jan in Gouda zo bijzonder maakt. De 'Goudse Glazen' vormen het hoogtepunt van de Europese glasschilderkunst. Van de 72 ramen dateren er 61 uit de jaren 1530 tot 1603: meer dan de helft van al het 16e eeuwse gebrandschilderde glas in Nederland. De missie van de Stichting Goudse Sint-Jan is het toegankelijk maken van de religieuze, esthetische, culturele en historische elementen in de Sint-Jan. De opbrengsten uit deze activiteiten worden ingezet voor het beheer en behoud van het monumentale kerkgebouw en de museale collectie bestaande uit de 72 gebrandschilderde ramen, de bijbehorende ontwerptekeningen (de cartons) en de inventaris. Sinds 1 januari 2018 is Stichting Goudse Sint-Jan opgenomen in het Museumregister Nederland.