La Fundació La Marató de TV3 va ser creada l’any 1996 per la Corporació Catalana de Mitjans Audiovisuals amb la missió d’impulsar la recerca biomèdica d’excel·lència a partir dels fons recaptats en el programa La Marató de TV3 i Catalunya Ràdio i d’organitzar campanyes de sensibilització social sobre les malalties tractades. Els fons econòmics gestionats per la Fundació dinamitzen l’activitat científica i econòmica del país, estimulen noves línies d’investigació i promouen la creació i consolidació d’equips de recerca. Els prop de 173 milions d'euros que el programa ha recaptat des del 1992 han permès finançar un total de 794 projectes de recerca sobre un ampli conjunt de malalties. A més d’haver esdevingut una de les principals fonts de finançament científic a Catalunya, aquests fons s'han convertit en pol d'atracció de recursos per a la investigació: cada euro que la Fundació destina a investigació genera un euro més per finançar nova recerca. En aquesta intensa activitat investigadora promoguda per la solidaritat hi han intervingut 7.300 investigadors procedents de centres de recerca de primera línia. D'aquesta manera, els recursos que gestiona la Fundació han contribuït fermament al dinamisme, la competitivitat, la consolidació i la projecció internacional de la recerca biomèdica catalana. Abans de cada edició del programa, la Fundació desplega una campanya de difusió i sensibilització sobre les malalties tractades en aquella determinada edició. Aquesta potent acció es vehicula a través de tres eixos: la difusió de la campanya gràfica i audiovisual, l’organització de més de 5.300 conferències als centres educatius que cada any arriben a 250.000 joves i el suport a les 3.500 activitats populars organitzades per iniciativa ciutadana, que cada any impliquen 1 milió de persones.