O Sistema CNA funciona da seguinte forma: as Federações da Agricultura trabalham nos Estados, os Sindicatos Rurais no âmbito dos municípios e a Confederação da Agricultura e Pecuária do Brasil – CNA atua na defesa dos interesses dos produtores rurais brasileiros junto ao Governo Federal, ao Congresso Nacional e aos tribunais superiores do poder Judiciário, nos quais dificilmente um produtor, sozinho, conseguiria obter respostas para as suas demandas. O Sistema CNA abrange três entidades: a CNA (representação e defesa dos interesses dos produtores rurais), o SENAR (Formação Profissional Rural e Promoção Social) e o Instituto CNA (estudos e pesquisas na área social e no agronegócio).