To Κέντρο Διεπιστημονικής Έρευνας και Καινοτομίας (ΚΕΔΕΚ) ξεκίνησε τη λειτουργία του το 2014, σηματοδοτώντας την επιδίωξη του ΑΠΘ να επαναπροσδιορίσει το ρόλο της έρευνας για την ανάπτυξη της χώρας και να διαμορφώσει νέες πιο αποτελεσματικές δομές διεπιστημονικής συνεργασίας. Το 2016 εγκαταστάθηκαν στο ΚΕΔΕΚ οι πρώτες 9 διεπιστημονικές ερευνητικές ομάδες, ενώ πλέον οι ομάδες ανέρχονται στις 18. Βασική αποστολή του ΚΕΔΕΚ αποτελεί η προώθηση και ανάπτυξη της διεπιστημονικότητας σε ένα ανοικτό και συνεργατικό περιβάλλον αριστείας, το οποίο αξιοποιεί τις ερευνητικές υποδομές του ΑΠΘ σε τοπικό, εθνικό και ευρωπαϊκό επίπεδο, διευρύνει τη συνέργεια του Πανεπιστημίου με την Κοινωνία και συμβάλλει στην οικονομική και κοινωνική ανάπτυξη της χώρας.