Scopo del Fondo è la tutela dei depositanti delle Banche ad esso consorziate (BCC-CR), in osservanza delle previsioni di legge ed in conformità con i principi della mutualità nonché nello spirito della cooperazione di credito. Il Fondo è soggetto alla vigilanza della Banca d'Italia e ad esso aderiscono le banche appartenenti al Sistema del Credito Cooperativo Italiano. Possono aderire altresì le succursali di banche comunitarie ed extra-comunitarie, purché ispirate ai principi della cooperazione di credito. Il Fondo opera in stretta collaborazione con Federcasse (l’Associazione nazionale di Categoria) e si avvale delle Federazioni locali come proprie articolazioni territoriali. I processi operativi del Fondo si svolgono in conformità al quadro normativo, armonizzato a livello europeo, in materia di sistemi di garanzia dei depositi (noti come SGD o anche DGS), basato sulla Direttiva 2014/49/UE del 6 aprile 2014 (cosiddetta DGSD, acronimo di Deposit Guarantee Scheme Directive).