A unidade é responsável por receber, protocolizar, autuar e cadastrar os documentos entregues no balcão de atendimento pelos clientes, fornecedores e outros interessados, bem como encaminhar esta documentação às demais unidades para providências. É por meio do Protocolo que são recebidos os requerimentos para fornecimento de cópia ou vista de documentos em formulário específico no balcão de atendimento.