La missione dell'Arpas è la protezione dell'ambiente della Sardegna. L'Agenzia si occupa di monitoraggio e controllo ambientale su tutto il territorio regionale e fornisce supporto tecnico alle autorità competenti in materia di programmazione, autorizzazione e sanzioni in campo ambientale a tutti i livelli di governo del territorio. La competenza tecnico-scientifica è la sua componente distintiva e qualificante. L'Arpas è un'agenzia regionale dotata di personalità giuridica di diritto pubblico, autonomia amministrativa, tecnica, contabile e patrimoniale, istituita con la Legge Regionale n. 6 del 18 maggio 2006. Fa parte della rete nazionale delle agenzie ambientali presenti in tutte le regioni italiane, con le quali intrattiene un costante scambio di esperienze per sviluppare metodologie comuni per la tutela dell’ambiente.