As atividades da Apoena Educação Profissional iniciaram-se em outubro de 1999 com trabalhos de capacitação de professores da educação básica. Em 2006 foi criado o Centro de Educação Apoena, que recebeu o credenciamento, naquele mesmo ano, do Conselho de Educação do Ceará como Escola Técnica de Nível Médio, passando a ofertar na cidade de Fortaleza os cursos de técnicos em Segurança do Trabalho, Administração e Contabilidade. Missão: Contribuir para melhorar o padrão de vida das pessoas, através de serviços educacionais voltados para a empregabilidade e renda. Visão: Ser reconhecida como uma instituição que contribui para a empregabilidade e renda das pessoas através de serviços educacionais.