A Controladoria Geral do Município de Niterói, Órgão Central do Sistema de Controle Interno, foi criada por intermédio da Lei nº 3.305, de 19 de julho de 2017. É um órgão autônomo da administração direta, vinculado diretamente ao Prefeito do Município, que atua nas seguintes macrofunções: Auditoria Governamental, Controladoria e Controle Interno, Ouvidoria e Incremento à Transparência e Correição (a ser implementado).