Pendidikan Tinggi ‘Aisyiyah diawali dari berdirinya Sekolah Bidan ‘Aisyiyah Rumah Sakit PKU Muhammadiyah Yogyakarta berdasarkan SK Menkes No 65 tanggal 10 Juli 1963. Kemudian dibuka pula Sekolah Panjenang Kesehatan Tingkat C ‘Aisyiyah Rumah Sakit PKU Muhammadiyah Yogyakarta. Pada tahun 1978 Sekolah Panjenang dan Sekolah Bidan melebur menjadi Sekolah Perawat Bidan ‘Aisyiyah (SPB ‘A) Rumah Sakit PKU Muhammadiyah Yogyakarta. Tahun 1980 SPB ‘A berubah menjadi Sekolah Perawat Kesehatan ‘Aisyiyah (SPK ‘A) Tahun 1982 dibuka Program Pendidikan Bidan ‘Aisyiyah (PPB ‘A) setingkat Diploma satu kebidanan Tahun 1991 SPK ‘A dikonversi menjadi Akademi Keperawatan ‘Aisyiyah Yogyakarta (AKPER ‘Aisyiyah) sesuai dengan SK Menkes RI No HK 00.06.1438 tanggal 6 Juli 1991. Tahun 1998 AKPER ‘Aisyiyah dikonversi menjadi Akademi Kebidanan (AKBID) ‘Aisyiyah Yogyakarta sesuai dengan SK Menkes RI No HK 00.06.1.3.02187 Tahun 2003 AKBID ‘Aisyiyah Yogyakarta ditingkatkan statusnya menjadi SEKOLAH TINGGI ILMU KESEHATAN ‘AISYIYAH YOGYAKARTA sesuai dengan SK MENDIKNAS RI No 181/D/O/2003 tanggal 14 Oktober 2003 dengan Program Studi S1 Ilmu Keperawatan, Profesi Ners (Keperawatan) dan D3 Kebidanan. Pada tahun 2009 mulai dibuka Program Studi baru yaitu DIV Kebidanan Pendidik dengan SK ijin penyelenggaraan no 397/D/T/2009 tanggal 18 Juni 2009. Berdasarkan SK Menteri Pendidikan dan Kebudayaan Republik Indonesia No. 66/E/O/2012 STIKES ‘Aisyiyah Yogyakarta menambah satu program studi yaitu prodi Fisioterapi S1. Berdasarkan SK Menteri Pendidikan dan Kebudayaan Republik Indonesia no 080/P/2014 STIKES ‘Aisyiyah Yogyakarta menambah satu program studi yaitu prodi Ilmu Kebidanan S2. Tahun 2016, tepatnya pada tanggal 10 Maret 2016, STIKES ‘Aisyiyah Yogyakarta berubah bentuk menjadi Universitas ‘Aisyiyah (UNISA) Yogyakarta melalui Surat Keputusan (SK) Kemenristek Dikti nomor 109/KPT/I/2016.