Sundhedsdatastyrelsens opgave er at skabe sammenhængende sundhedsdata og digitale løsninger til gavn for patienter og klinikere samt forskningsmæssige og administrative formål i sundhedsvæsenet. Sundhedsdatastyrelsen stiller således sundhedsdata om aktivitet, økonomi og kvalitet til rådighed for sundhedsprofessionelle, administratorer i regioner og kommuner samt borgere og andre centrale brugere, styrker den overordnede digitalisering og fremmer en sammenhængende data- og it-arkitektur i sundhedsvæsenet med fokus på datasikkerhed. På udvalgte områder sikrer Sundhedsdatastyrelsen endvidere dækkende og valide sundhedsdata til patientbehandling og forskning mv. Gennem styrelsens aktiviteter skabes et solidt fundament for monitorering og opfølgning i forhold til kvalitetsudvikling og effektivitet på sundhedsområdet. Det giver mulighed for at fastlægge de overordnede rammer på en sådan måde, at de samlede ressourcer på sundhedsområdet anvendes bedst muligt til gavn for patienterne. Sideløbende hermed vil Sundhedsdatastyrelsen bidrage til, at Danmark fastholder en førende position i digitaliseringen af sundhedsvæsenet i sammenligning med andre lande bl.a. ved at styrke koordineringen af den overordnede digitalisering af sundhedsvæsenet. Sundhedsdatastyrelsen koordinerer endvidere arbejdet med sundhedsdata og -it på tværs af sundhedsvæsenet og sætter fælles mål i form af strategier, aftaler og it-arkitektur. Sundhedsdatastyrelsen er samtidig koncern it-funktion for Sundheds- og Ældreministeriet.