Kırklareli Atatürk Anadolu Lisesi’nin ilk açılış tarihi kesin olarak bilinmemekle beraber, bir asrı aşkın geçmişi vardır.İlk defa Kırklareli Rüştiyesi adı altında Kapan Camii’nin yanındaki binada hizmete girmiş olup, burada 1877 yılına kadar bir muallimle öğretime devam etmiştir. Bundan iki yıl sonra Ahmet Mithat İlkokulunun bulunduğu binaya taşınmış, 1892-1909 yılları arasında öğretime bu binada devam edilmiştir.1908’de Meşrutiyetin ilanından sonra burası dar gelmeye başladığından, zamanın Maarif nazırı ve Kırklareli Mebusu Emrullah Efendi’den başka bir bina bulunması rica edilmiştir.Daha sonra Pandof adındaki bir Bulgar’dan bir bina satın alınarak o zamanki idadi mektebi olan okulumuz bu binaya nakledilmiş ve Yunan işgalinden Kırklareli’nin kurtuluşuna kadar öğretime bu binada devam etmiştir.1922-1924 yılları arasında Hakkı Bey’in Müdürlüğünde Sultani olarak faaliyet göstermiş, 1924’te lağvedilmiştir ve 3 yıl kapalı kalmıştır.Zamanın maarif vekili Necati Bey’in emriyle 1927-1928 Öğretim yılında Kırklareli Orta Mektebi adı altında Rıyaziye Muallimi Şevket Bey’in yönetiminde yeniden faaliyete geçmiştir. Bu yıllardan sonra öğrenci sayısı artmaya başlayınca 1930-1931 yıllarında Rumlardan kalma Gimmozium binasına taşınmıştır.Tekrar öğrenci sayısının artması nedeniyle 30 Eylül 1963 yılından itibaren Demirtaş Mahallesinde bulunan günümüzdeki binasına taşınmıştır ve hala eğitim-öğretime bu binada devam edilmektedir.1972 yılında Millî Eğitim Bakanlığının emri ile okulumuzun adı Kırklareli Atatürk Lisesi olmuş ve 1971-1972 Öğretim yılından itibaren Modern Fen programı uygulanan 100 Liseden biri seçilmiştir.Bu öğretim yılından itibaren yüksek öğrenim programlarını daha kolay başaran Temel Fen Derslerinde çağın koşullarına uygun öğrenciler yetiştirmeye başlanmıştır. Okulumuz 2005-2006 öğretim yılından itibaren Anadolu Lisesi statüsüne geçmiş ve M.E.B. Orta Öğretim Genel Müdürlüğünün 05/07/2005 Tarih ve 7374 Sayılı Kararı ile “Kırklareli Atatürk Anadolu Lisesi” adını almıştır.