Con la cancelación y concesión de servicios ferroviarios llevada a cabo a principios de los años 1990, gran parte de los servicios interurbanos fue cancelada, quedando algunos en territorio bonaerense a cargo de Ferrobaires, empresa perteneciente al Estado de la provincia de Buenos Aires, y otros en Río Negro en manos de SEFEPA, propiedad de esa provincia. Los servicios urbanos pasaron a ser operados por una nueva empresa estatal, FEMESA, para ser finalmente otorgados a Metropolitano, un conglomerado de transportes que también se adjudicó los servicios urbanos de los ferrocarriles San Martín y Belgrano Sur. El 22 de mayo de 2007 el gobierno rescindió el contrato de concesión a la empresa Metropolitano a través de los decretos 591/07 y 592/07 del Poder Ejecutivo Nacional. A raíz de este suceso el Estado ordenó la creación de una Unidad de Gestión Operativa Ferroviaria de Emergencia (UGOFE), conformado además por los otros tres concesionarios de ferrocarriles, Ferrovías, Metrovías y Trenes de Buenos Aires, a la que puso a cargo de la operación del servicio.