FOGAPI fue constituida el 24 de noviembre de 1979 bajo el vehículo legal de fundación a iniciativa de la Sociedad Alemana de Cooperación Técnica (GTZ) y de los gremios empresariales: la Asociación de Pequeños y Medianos Industriales del Perú (APEMIPE), la Sociedad Nacional de Industrias (SNI) a través de su Comité de Pequeña Industria (COPEI) y el Servicio Nacional de Adiestramiento en Trabajo Industrial (SENATI). Además, se contó con una alianza con el sector público: la Corporación Financiera de Desarrollo (COFIDE) y el Banco Industrial del Perú (BIP) en ese entonces.