O CHLN, enquanto estabelecimento hospitalar público, geral, central e altamente diferenciado em tecnologias e saberes, presta cuidados de saúde ao cidadão dentro da sua capacidade e no âmbito da sua responsabilidade. Fruto de uma simbiose histórica, lógica e natural, com a Faculdade de Medicina de Lisboa, com a qual partilha instalações, recursos humanos e conhecimentos, o ensino e a formação pré e pós graduada constituem-se como outro eixo fundamental da missão, sem prejuízo de parcerias com outras instituições académicas nacionais e internacionais. Para além da prestação directa de cuidados de saúde e da formação, a missão do CHLN comporta ainda as vertentes da inovação, do desenvolvimento científico e da investigação, como corolário lógico e aproveitamento natural das sinergias resultantes dos eixos da prestação e da formação.