O Instituto CNA é uma associação civil sem fins lucrativos. Criado em 26 de março de 2009, desenvolve estudos e pesquisas sociais e do agronegócio, atendendo a demandas do Sistema CNA/SENAR. Desenvolve, também, tecnologias alternativas para a produção e divulgação de informações técnicas e científicas, com foco no meio rural brasileiro. O Instituto CNA auxilia o Ministério da Agricultura, Pecuária e Abastecimento (MAPA) na operacionalização da Base Nacional de Dados do Serviço Brasileiro de Rastreabilidade da Cadeia Produtiva de Bovinos e Bubalinos (BND/SISBOV), através da Plataforma de Qualidade CNA, com Programa de Certificação Raças Bovinas. Outra parceria com o MAPA é contemplada no Sistema Gestor de Protocolos de Rastreabilidade Vegetal na Plataforma de Gestão Agropecuária – PGA. Em 2017, o Instituto CNA passou a administrar todos os Processos Seletivos do Sistema CNA/SENAR, oferecendo um banco de talentos para as Federações e Administrações Regionais do SENAR. Também é responsável pela publicação de Editais, organização e agendamento de provas e entrevistas. Em 2018 surgiu o Observatório da Criminalidade no Campo. Por meio de um estudo feito pelo Instituto CNA foi possível comprovar o aumento da criminalidade no meio rural.