Constituée en 1984, l'AJAM est chargée par la République et Canton du Jura d’organiser l’accueil, l’hébergement, la prise en charge sociale et l'accès aux soins des personnes relevant du domaine de l'asile (requérants d'asile en attente d'une décision, permis N). Elle a en outre reçu le mandat de l'accompagnement social des réfugiés reconnus (permis B) et des personnes admises à titre provisoire (permis F), pour lesquels elle développe des mesures d'insertion et d'intégration professionnelle. Elle octroie une aide d'urgence aux migrants dont la demande d'asile a été rejetée ou qui ont reçu une décision de non-entrée en matière sur leur demande d'asile et qui doivent à terme quitter la Suisse (personnes déboutées ou personnes NEM). Elle exploite le Centre d’animation et de formation pour femmes migrantes (CAFF), à Delémont et à Porrentruy. Selon une clé de répartition établie en fonction de l'importance démographique des cantons, le Jura est tenu d'accueillir 1,2% des requérants qui demandent la protection de la Suisse. Pour héberger l'ensemble des migrants dont elle a la responsabilité, l'AJAM gère 6 centres d'hébergement collectif et loue plus de 150 appartements dans tout le canton du Jura. Le 31 décembre 2020, 1151 personnes étaient prises en charge par l'AJAM.