O Instituto Argonauta para a Conservação Costeira e Marinha foi fundado em 1998 pela Diretoria do Aquário de Ubatuba e reconhecido em 2007 como OSCIP (Organização da Sociedade Civil de Interesse Público). O Instituto tem como objetivo a conservação do Meio Ambiente, em especial a conservação dos ecossistemas costeiros e marinhos. Para isso, apoia e desenvolve projetos de pesquisa, resgate e reabilitação da fauna marinha, educação ambiental e resíduos sólidos no ambiente marinho, dentre outras atividades. O Instituto Argonauta também é uma das instituições executoras do Projeto de Monitoramento de Praias da Bacia de Santos (PMP-BS).