Sebagai NGO yang bergerak dalam bidang penelitian, LP3ES banyak berkecimpung dalam penelitian, studi kebijaksanaan dan riset aksi terutama yang berhubungan dengan kepentingan grass-root communities. Mulai penelitian tentang sektor informal, koperasi, industri kecil dan kerajinan rakyat, lembaga-lembaga pendidikan tradisional seperti pesantren, pendidikan non-formal, partisipasi petani, kesehatan ibu dan anak, lingkungan hidup, kajian tentang hubungan masyarakat dan negara dan lain sebagainya.