La Fondazione 1563 gestisce e valorizza l’Archivio Storico della Compagnia di San Paolo e sostiene un articolato programma di ricerca sul Barocco e sulla Global History, anche attraverso un bando annuale per borse di alti studi rivolto a giovani ricercatori umanisti.  La pubblicazione digitale dell'imponente materiale storico rappresenta una delle attività più recenti e di ampio richiamo internazionale.