El CEEISCAT és un servei de l’estructura orgànica de l'Institut Català d'Oncologia (ICO), que depèn funcionalment del Programa de prevenció, control i atenció al VIH, les ITS i les hepatitis víriques (PCAVIHV) del Departament de Salut de la Generalitat de Catalunya. El CEEISCAT, des de 1995, té atribucions centrals per a la vigilància epidemiològica (VE) i el monitoratge i avaluació (M&A) relacionats amb el VIH i les ITS, que realitza de forma coordinada amb les corresponents Subdireccions, Programes i Unitats del Departament de Salut. Concretament, les activitats de VE les realitza en el marc de la Xarxa de Vigilància Epidemiològica i de la Comissió de Vigilància Epidemiològica, a la que pertany, juntament amb la Sub-direcció General de Vigilància i Resposta a Emergències de Salut Pública i les Unitats de Vigilància Epidemiològica (UVE). Aquesta activitat es realitza mitjançant un conveni finalista entre el Departament de Salut i l’ICO i s’executa a través d’aquesta institució. Des del 2018 el CEEISCAT a més s'encarrega del monitoratge i avaluació del Pla d'eliminació de l'hepatitis C a Catalunya, dins del PCAVIHV.