É uma entidade criada ou indicada pelo Comitê de Bacia para prestar apoio ao seu funcionamento, podendo atuar como sua Secretaria Executiva. É responsável pelo gerenciamento dos recursos financeiros oriundos da cobrança pelo uso dos recursos hídricos. Possui personalidade jurídica, conforme a dominialidade das águas, ou seja, da União ou dos Estados. As funções de Agência, em alguns casos, podem ser delegadas para organizações civis de recursos hídricos e entidades afins.