ენდოკრინოლოგიის ეროვნული ინსტიტუტის ისტორია იწყება 2004 წლიდან ენდოკრინულ და მეტაბოლურ დარღვევათა კლინიკის სახელწოდებით. ჯერ კიდევ 2004 წელს ელენე გიორგაძის ხელმძღვანელობით მე–4 კლინიკური საავადმყოფოს ბაზაზე, ტექნიკურ (მე–9) სართულზე დაფუძნდა ენდოკრინულ და მეტაბოლურ დარღვევათა კლინიკა, ხოლო 2011 წლიდან კლინიკამ შეიძინა ენდოკირნოლოგიის ეროვნული ინსტიტუტის სახელწოდება. ინსტიტუტის ბაზაზე ფუნქციონირებს ივ. ჯავახიშვილის სახელობის თბილისის სახელმწიფო უნივერსიტეტის მედიცინის ფაკულტეტის კათედრა ენდოკრინოლოგიაში. მიმდინარეობს დიპლომამდელი და პოსტდიპლომური უწყვეტი განათლების პროგრამები, სადაც მზადებას გადის მრავალი დოქტოტრანტი და რეზიდენტი, როგორც საქართველოდან ასევე სხვა ქვეყნებიდან. ინსტიტუტის ბაზაზე დაარსებულია საქართველოს სიმსუქნის შემსწავლელი ასოციაცია, რომელიც თავის მხრივ წევრია ევროპის სიმსუქნის შემსწავლელი ასოციაციის. ასევე ინსტიტუტში ფუნქციონირებს ძვლოვანი სისტემის მეტაბოლურ დარღვევათა საქართველოს ასოციაცია, რომელიც ერთიანდება ოსტეოპოროზის საერთაშორისო ასოციაციაში. დღეს ენდოკრინოლოგიის ინტელექტუალური რესურსი, მრავალწლიანი გამოცდილება და თანამედროვე მაღალტექნოლოგიური აღჭურვილობა საშუალებას იძლევა ინსტიტუტში თანამედროვე სტანდარტების შესაბამისად ჩატარდეს ენდოკრინული პროფილის ყველა პათოლოგიის სრულყოფილი დიაგნოსტიკა და მკურნალობა.