A FNCC é uma Federação formada para representar suas cooperativas associadas, junto aos órgãos governamentais, instituições financeiras e todo o segmento de cooperativismos de crédito. A Federação tem como missão proporcionar suporte técnico, estratégico e político para que as cooperativas de crédito possam se fortalecer, se profissionalizar e praticar os princípios cooperativistas, promovendo a melhoria das condições de vida de seus associados, de forma consistente e estruturada. Por meio de uma gestão participativa e transparente, atenta às necessidades e peculiaridades de suas associadas, a Federação trabalha ativamente junto às entidades e órgãos estaduais e federais, para garantir as melhores condições de trabalho e gestão das entidades.