Těžištěm činnosti je výzkum v oblasti poznání fyziologických funkcí živočichů, molekulárních interakcí během embryonálního vývoje a genomických analýz volně žijících druhů živočichů. ÚŽFG získává, zpracovává a rozšiřuje vědecké informace, dále také vydává vědecké publikace (monografie, časopisy, sborníky apod.), poskytuje vědecké posudky, stanoviska a doporučení a provádí konzultační či poradenskou činnost. Ve spolupráci s vysokými školami uskutečňuje doktorské studium a vychovává mladé vědecké pracovníky.