Historia Uniwersytetu Papieskiego Jana Pawła II w Krakowie zaczyna się w tym samym czasie, co dzieje najstarszej polskiej uczelni – Uniwersytetu Jagiellońskiego. W roku 1397 papież Bonifacy IX erygował Wydział Teologiczny w ramach Studium Generale. Od tego czasu Wydział rozwijał się i aktywnie działał przez wieki, zdobywając sławę i uznanie w środowisku naukowym, zarówno w Polsce, jak i poza jej granicami. Jego funkcjonowanie próbowała przerwać komunistyczna władza, która doprowadziła do tego, że jednostronną uchwałą Rady Ministrów w 1954 r. usunięto Wydział Teologiczny z UJ. Decyzja ta nie przerwała jednak jego działalności i kanonicznej egzystencji. Przełomowym wydarzeniem w dziejach Wydziału Teologicznego w Krakowie było wydanie przez Ojca Świętego Jana Pawła II 8 grudnia 1981 roku motu proprio Beata Hedvigis, na mocy którego ustanowiona została Papieska Akademia Teologiczna w Krakowie, składająca się z trzech wydziałów: teologii, filozofii i historii Kościoła. W uroczystość Najświętszego Serca Pana Jezusa, 19 czerwca 2009 roku, Ojciec Święty Benedykt XVI pragnąc uhonorować pamięć swego umiłowanego Poprzednika podniósł Akademię do godności Uniwersytetu Papieskiego Jana Pawła II. Dzisiaj, po dziesięciu latach funkcjonowania w randze uniwersyteckiej, UPJPII jest dynamicznie rozwijającą się uczelnią. Oferta dydaktyczna jest ciekawą propozycją dla młodych ludzi.