VŠÚO v rámci „Národního programu konzervace a využití genofondu rostlin v ČR“ dlouhodobě uchovává a každoročně hodnotí v polních kolekcích genetických zdrojů více než 2300 odrůd významných ovocných druhů mírného klimatického pásma. Testuje duplicitní uchování pomocí biotechnologických metod v aktivně rostoucích in vitro kulturách a regeneraci po kryoprezervaci v kapalném dusíku. Již téměř sedmdesát let probíhá šlechtitelská činnost, která se v současnosti zaměřuje na třešně, jabloně, slivoně a meruňky. Společně se šlechtěním pak dochází k introdukci a testování perspektivních odrůd ze zahraničí k zabezpečení šlechtitelských programů vhodnými genotypy s cennými vlastnostmi.