Em 2003, o Poder Executivo do Estado do Ceará instituiu por meio da Lei nº. 13.297/2003, seu órgão central de controle interno, inicialmente chamado de Secretaria da Controladoria (Secon). Ao longo dos anos, a Controladoria e Ouvidoria Geral do Estado passou por transformações, ampliando suas competências institucionais, abrigando hoje as ações dos sistemas governamentais de Ouvidoria, Controladoria, Correição e Auditoria Governamental.