Como jardín botánico, ejecutamos programas permanentes de investigación básica y aplicada, de conservación in situ y ex situ, esto quiere decir, conservación en el entorno natural de la planta o fuera de él. Nuestra misión es generar, difundir y aplicar conocimientos científicos sobre la diversidad florística de Antioquia y del país en relación con el trópico, contribuyendo a su valoración, conservación, restauración y manejo, con el fin de propiciar el aprovechamiento sostenible y ético de la flora, y contribuir al bienestar de los colombianos. Nuestra actuación está amparada en la Ley 299 de 1996, mediante la cual el Congreso de Colombia determinó que la conservación, la investigación y el uso sostenible de la flora, son estratégicos para el país y prioritarios dentro de la política ambiental. Así mismo, definió la misión social que compromete a los jardines botánicos a partir del cuidado de la flora, y la obligación del Estado, en el plano municipal, departamental y nacional, de contribuir a la creación y fortalecimiento de estas instituciones, sean estatales o privadas sin ánimo de lucro, como es el caso del Jardín Botánico de Medellín