A Autojun é a Empresa Júnior vinculada ao curso de Engenharia de Controle e Automação da UFSC. Formada por alunos da graduação e orientada por professores do Departamento de Automação e Sistemas, executa projetos para levar inovação e tecnologia para dentro das empresas, resolvendo problemas e facilitando vidas. Hoje, entre os principais serviços da Autojun estão o desenvolvimento de Sistemas Web, para a automação de processos produtivos; a criação de aplicações de Inteligência de Negócios (Business Intelligence), utilizando dados como base para o auxílio de gestão empresarial; e o desenvolvimento de protótipos, fazendo testes e validando grandes ideias.