La Secretaría General es una instancia regional operativa del SICA, creada por decisión de los presidentes Centroamericanos en el Protocolo de Tegucigalpa con el propósito de prestar servicios y brindar sus capacidades técnicas y ejecutivas en apoyo a los esfuerzos de integración regional, particularmente en la construcción gradual y progresiva de la Unión Centroamericana. Es a través de la Secretaría General que se establecen los convenios internacionales.