Shotokan a continuat să se dezvolte, iar pe la mijlocul anilor 30, Shihan Gichin Funakoshi s-a retras, mai mult sau mai puțin, de la conducere predând controlul dojo-ului fiului său Yoshitaka cunoscut și sub numele de Gigo. Foarte multe din schimbările stilului care au dus Shotokan așa cum este cunoscut astăzi sunt atribuite lui Zoshitaka. În 1939, ca urmare a succesului avut de cluburile de karate, un nou dojo central a fost înființat și deschis de Shihan Gichin Funakoshi; deasupra ușii a fost pusă o placa pe care era scris "Shotokan" (Sala lui Shoto), Shoto fiind pseudonimul folosit de Gichin Funakoshi pentru semnarea poieziilor sale. În timpul celui de-al II-lea Război Mondial Yoshitaka a fost omorât și dojo-ul Shotokan distrus, Japonia devastată, iar dupa, artele marțiale japoneze interzise. Totuși, în acest timp, unii dintre fostii elevi ai lui Shihan Gichin Funakoshi au început să reorganizeze karate-ul și să lupte pentru ridicarea interdicției de practicare pe motiv că este vorba despre o arta de proveniență chinezească. Ca urmare, până ăn 1949, karate a fost singura artă marțiala căreia i s-a permis să fie practicată în Japonia. În 1949 a fost fondată "Japan Karate Association" avândul pe Shihan Gichin Funakoshi ca instructor șef și mai târziu pe Masatoshi Nakayama în comitetul JKA ca principal instructor activ. Shihan Gichin Funakoshi a murit în anul 1957, la 89 de ani.