La Universidad Politécnica de Madrid (UPM) aprueba la creación de un Centro de Biotecnología y Genómica de Plantas en octubre de 2005, a propuesta de un grupo de profesores del Departamento de Biotecnología. Se trata de una iniciativa que se venía madurando desde hacía tiempo de forma conjunta con investigadores del Instituto Nacional de Investigación y Tecnología Agraria y Alimentaria (INIA). Finalmente el CBGP se constituye como un Centro Mixto de Investigación tras la firma del acuerdo bilateral UPM – INIA en Julio de 2006 El CBGP se crea con la doble finalidad de contribuir al desarrollo sostenible de los sectores agrícola, forestal y medioambiental a través de la Bio-Economía Basada en el Conocimiento (KBBE), y de aumentar la competitividad de la investigación y producción en estas áreas. Además desempeña un papel educativo y persigue el convertirse en un centro de referencia en la formación de científicos y técnicos en el campo de la biotecnología y la genómica de plantas, un área cuyo desarrollo tiene aún mucho recorrido por delante en España.