سميت الجامعة باسم (جامعة الإمام المهدي )وذلك تكريما وتخليدا للإمام محمد احمد المهدي قائد الثورة المهدية التي أرست مبادئ الدولة الإسلامية في السودان . ووفقاً لما جاء في قانون جامعة الإمام المهدي لسنة 1995 فان الجامعة هي دار للعلم تعمل على تحصيله وتدريسه وتطوير مناهجـه ونشره في إطار الأهداف العامة للدولة ، وسياسات وزارة التعليم العالي والبحث العلمي وتعمل عن طريقه على خدمة الوطن وتنمية موارده ، وعلى نهضة البلاد فكرياً وعلمياً واقتصاديا واجتماعيا وثقافياً. نشأة وتطور الجامعة: تم تأسيس جامعة الإمام المهدي في ظل ثورة التعليم العالي حيث صدر القرار الجمهوري في العام 1994م بإنشاء الجامعة وبدأت فعلياً في عام 1995م، وكانت تضم ثلاث كليات هي الطب والعلوم الصحية ،الهندسة والدراسات التقنية ،والعلوم الإسلامية والعربية ثم تطورت وأصبحت تضم الكليات الأتية: الطب والعلوم الصحية ، الهندسة والدراسات التقنية ، علوم الحاسوب و تقنية المعلومات ,الشريعة والقانون، الآداب والعلوم الإنسانية، التنمية البشرية ، الاقتصاد والعلوم الإدارية ، التربية، علوم التمريض،المحتبرات الطبية، والصحة العامة ، الدراسات العليا وتنمية المجتمع .