Créé par le Décret n° 92-1026 du 09/12/1992 à la suite de la fusion de 3 entités qu’étaient la Station Marine de Toliara, la filière Océanologie et l’Unité de Formation Supérieure Halieutique, l'IH.SM a pour mission : la formation et la recherche en Océanologie et Sciences halieutiques et aquacoles. Il forme des Techniciens supérieurs, des Océanologues, des Ingénieurs halieutes, des Biologistes et des cadres en activité. Avec le développement continu de son réseau de partenariat national et international, l'IH.SM n'a pas arrêté d'améliorer la qualité des services offerts aussi bien en matière de formation et de recherche qu'en matière de gestion administrative. A cet effet, L’équipe de l’IH.SM est animée par « l’Esprit de compétition et de coopération », et se donne pour ambition d’être « un Pôle d’excellence ». De ce fait, l’IH.SM fonctionne sur la base d’une structure légère et flexible en administration et planifie une autonomie financière progressive.