En Guatemala el Programa MOSCAMED es la institución oficial encargada del control y erradicación de la mosca del Mediterráneo de su territorio y sus actividades de trabajo se orientan a detectar la presencia de la plaga y suprimir con una integración de controles los brotes o detecciones en las áreas de influencia, concentrándose en cuatro áreas de trabajo: Área Libre, Área de Baja Prevalencia, Área de Supresión y Área de Monitoreo. El Programa MOSCAMED opera desde los siguientes centros de trabajo: Oficinas Centrales en Guatemala; Centro de Operaciones Petén con sede en Santa Elena, Petén; Centro de Operaciones de la Franja Transversal del Norte con sede en Fray Bartolomé de las Casas, Alta Verapaz; Centro de Operaciones de Noroccidente con sede en Huehuetenango; Centro de Operaciones Suroccidente con sede en Retalhuleu; Centro de Operaciones Altiplano Central con sede en Chimaltenango y una Planta de Producción de mosca del Mediterráneo estéril ubicada en Barberena, Santa Rosa, así como un Centro de Recepción, Empaque y Liberación de Adulto Frío en Retalhuleu. La ubicación de la plaga se realiza por medio de trampas con atrayentes alimenticios y sexuales que capturan especímenes en estado adulto por muestreo de frutos hospedantes para la detección de estados inmaduros como larva. El control de la mosca del Mediterráneo el Programa MOSCAMED utiliza un manejo integrado de la plaga: el control por aspersiones de un producto de origen natural aprobado para su uso en la agricultura orgánica, el control mecánico, el control AUTOCIDA o liberación de insecto estéril y el control legal o puestos de cuarentena interna. El 19 de mayo del 2014 se firma el Convenio de Cooperación entre los Gobiernos de los Estados Unidos de América, Guatemala y México para la prevención, detección, supresión y erradicación de la mosca del Mediterráneo y otras moscas de la fruta de importancia económica.