Em 1967, a CNAGA foi fundada na cidade de São Sebastião, litoral norte paulista, com o objetivo de incrementar as transações comerciais no porto local, até então desprovido de armazéns e consequentemente, alijado das operações do Comércio Exterior. Alternativa ideal para o já congestionado Porto de Santos, a CNAGA de São Sebastião foi o primeiro armazém alfandegado do País a receber, em 1972, a permissão do Ministério da Fazenda para operar o regime especial de entreposto aduaneiro na importação. Mais tarde, a permissão foi estendida à exportação e, em 1981, suas unidades de São Sebastião e São Paulo receberam habilitação da Receita Federal para operar também na qualidade de Depósitos Alfandegados Públicos - DAPs - de importação e exportação; atualmente chamados de Porto Seco. Hoje, a CNAGA representa um Complexo de Terminais Armazenadores, totalmente informatizado, operando sob Regimes Especiais Aduaneiros e especializado na armazenagem de Carga Geral, Contêineres e Grãos. Mantém unidades de operação em São Sebastião, na Grande São Paulo e em Conchas.