L'objectif de l'IRFC est d'offrir aux patients la même qualité de soins partout et pour tous en Franche-comté, en construisant une stratégie de groupe entre les hôpitaux et les cliniques, ouverte sur la ville. La mission de l’IRFC consiste à mutualiser les compétences et les moyens médicaux, harmoniser les prises en charge, développer la recherche et l’accès à l’innovation dans l'objectif d’améliorer le taux de guérison et de survie des malades en leur offrant des soins d’une qualité sans cesse croissante, quel que soit leur lieu de prise en charge en Franche-Comté.