O IH funciona na directa dependência do Cema, sob a tutela do Ministerio da Defesa Nacional e com superintendência conjunta do Ministério da Ciência, Tecnologia e do Ensino Superior, e dispôe de autonomia administrativa e Financeira. O Instituto Hidrográfico enquanto centro agregador de informação e conhecimento, tem, assim, como pilares fundamentais de acção, a segurança da navegação, a aplicação militar, a investigação aplicada e o contributo para o desenvolvimento sustentável do país.