L’établissement n’est entré en activité qu'en 1985, après qu’il ait été décidé de lui transférer le patrimoine de l'Ecole Supérieure de Gestion des Entreprises (ESGE) créée par la République du Sénégal en 1979 et qui délivrait un Diplôme Supérieur de Gestion des Entreprises (DSGE) pour les cadres des entreprises publiques et privées qui étaient recrutés avec un niveau d’entrée de Bac+4 à Bac+5 pour une formation de 18 mois et 6 mois de mission de longue durée en entreprise. La reprise de l’ESGE par la CEAO pour créer le CESAG, relevait d’une stratégie de l’organisation sous régionale de développer au sein de l’espace des formations de haut niveau adaptées au contexte africain et en alternative aux formations dispensées en Europe ou en Amérique. Le CESAG/CEAO a fonctionné de 1986 à 1993 et délivrait deux (02) diplômes : le (Diplôme Supérieur de Gestion des Entreprises « DSGE ») et le (Diplôme Supérieur de Gestion des Services de Santé « DSGS »). Avec la dissolution de la CEAO en mars 1994, le CESAG a été repris, le 16 novembre 1995, par la Banque Centrale des Etats d’Afrique de l’Ouest (BCEAO) pour le compte des Etats membres de l’UEMOA, soucieux de préserver cet outil d’intégration sous régionale et de renforcement des capacités de gestion. Depuis lors, le CESAG est "un établissement public international, spécialisé en matière de formation, de recherche et de consultation, doté de la personnalité morale, de l'autonomie financière et administrative, et ayant son siège à Dakar", dirigé par un Conseil d'Administration présidé par le Gouverneur de la BCEAO.