Criada pelo Governo do Estado do Ceará, a fundação é uma entidade pública, de personalidade jurídica de direito privado. A lei estadual 17.186 de 2020 estabelece que seu pessoal será regido pela legislação trabalhista, com admissão mediante concurso público. É competência da Funsaúde prestar serviço de saúde à população em todos os níveis de complexidade; apoiar melhoria da governança interfederativa regional; promover o desenvolvimento científico e tecnológico em saúde. Os serviços serão repassados gradualmente de forma contratualizada, com pactuação de metas e prazos, critérios de avaliação, direitos e obrigações.