A origem do CPCLIN remonta ao tempo em que seu atual diretor clínico iniciou a atividade de pesquisa clínica no ambulatório de doenças metabólicas do Hospital Heliópolis no ano de 1992. Nesta época não havia uma regulamentação nacional específica para esta atividade e o único marco ético existente era a Declaração de Helsinki. A atividade de pesquisa clínica no Brasil era incipiente e a oportunidade de desenvolver protocolos clínicos, mesmo em um hospital de ensino era esporádica. Com o advento da regulamentação da atividade em 1996, e a criação dos comitês de ética em pesquisa (CEPs), o Brasil começou a se inserir de modo crescente no universo da pesquisa clínica. Deste modo, em 1998 o número de projetos em andamento neste ambulatório já demandava uma estrutura de pessoal, equipamento e espaço físico que não poderia ser mantida, sem prejuízo da atividade primária assistencial do ambulatório. Propusemos então um acordo de cooperação científica com o complexo hospitalar Heliópolis que consistia em um modelo no qual, o hospital continuaria sendo a instituição responsável pela pesquisa como fiscalizadora através de seu CEP e como retaguarda para o atendimento dos eventos adversos sérios, à custa dos patrocinadores, e a pesquisa em si seria conduzida na minha clínica particular sem nenhum ônus para o hospital. Em cada projeto uma parte do orçamento seria doada ao hospital. Assim teve início a pesquisa na Clínica Dr. Freddy Goldberg Eliaschewitz S/C Ltda. Em 2005, a expansão da atividade de pesquisa já não permitia o compartilhamento com a atividade clínica e então, a atividade de pesquisa ganhou local e as instalações nas quais permaneceu durante 11 anos. O CPCLIN foi constituído como uma entidade jurídica a parte da clínica privada Freddy Goldberg Eliaschewitz.