Agentūros veiklos tikslas – dalyvauti įgyvendinant valstybinę ikimokyklinio, priešmokyklinio, bendrojo ugdymo politiką, skatinti švietimo įstaigas (išskyrus aukštąsias mokyklas), kitus švietimo teikėjus užtikrinti švietimo veiklos kokybę, teikiant informacinę, konsultacinę, kvalifikacijos tobulinimo, ugdymo(si) aplinkos kūrimo pagalbą, vykdant mokyklos, regiono, šalies švietimo stebėseną ir švietimo tyrimus, formuojant ugdymo turinį ir koordinuojant jo įgyvendinimą.