La SAS les Neptunes de Nantes, présidée par Yoann Choin-Joubert depuis janvier 2021, gère les intérêts de l'équipe professionnelle et du centre de formation. L'association les Neptunes de Nantes, présidée par Daniel Pellerin, gère les intérêts du secteur amateur. Les deux entités travaillent main dans la main dans un seul but, promouvoir l'excellence du handball féminin et être utile au territoire. L’équipe professionnelle a décroché, le 9 mai 2021, le premier titre européen de son histoire en remportant l’EHF European League.