Nordjyske Jernbaner A/S har hovedkontor på Skydebanevej 1B i Hjørring og beskæftiger i alt ca. 120 medarbejdere. Nordjyske Jernbaner A/S blev stiftet den 1. januar 2001 og er en sammenlægning af Skagensbanen A/S og Hjørring Privatbaner A/S. Virksomheden er 89% ejet af Nordjyllands Trafikselskab. Siden fusionen mellem de to baner er der sket en gennemgribende modernisering og rationalisering af hele virksomheden. I alt er der inden for denne periode investeret mere end 600 mio. kr. i nye skinner, tekniske anlæg og togmateriel. I 2005 blev 8 Siemens Desiro togsæt indsat på strækningerne Skagen-Frederikshavn og Hirtshals-Hjørring. Den 6. august 2017 overtog Region Nordjylland trafikkøberansvaret fra Staten, hvilket betød at Nordjyske Jernbaner overtog den regionale togdrift fra Skørping til Frederikshavn fra DSB. Ved overtagelsen blev der indsat yderligere 13 nye Alstom LINT togsæt, der nu sammen med de 8 Desiro togsæt betjener strækningerne Skagen – Skørping og Hirtshals – Hjørring.