Le lycée militaire d'Aix-en-Provence est placé sous le commandement d'un colonel. Il est aidé dans sa mission par un proviseur qui s'occupe plus spécifiquement de la gestion pédagogique de l'établissement. Les élèves du lycée militaire n'ont en aucun cas un statut de militaire. Ils sont répartis en compagnies, selon leur niveau d'étude. Chaque compagnie est commandée par un officier (appelé commandant de companie). 5 ème compagnie : classes de seconde 4ème compagnie: classes de première 3ème compagnie: classes de terminale 2ème compagnie : classes de CPGE 1ère année & CPES 1ère compagnie : classes de CPGE 2ème année Une classe préparatoires aux études supérieures scientifique (CPES) a été ouverte en 2008-2009. Les professeurs sont des professeurs de l'Education Nationale, détachés par contrat au sein du Ministère de la Défense. Un seul professeur d'E.P.S. est un professeur de l'Education Nationale, les autres sont des sous-officiers moniteurs de sport. Les enseignements sont régis par les décrets officiels de l'Education Nationale. La formation académique est donc strictement identique à celle d'un lycée de l'Education Nationale.