Considerada como uma das mais importantes instituições de saúde do Norte-Nordeste do Brasil, o São Rafael é um hospital geral que oferece serviços especializados de média e alta complexidades, em diversas especialidades, sendo referência em áreas como Oncologia, Neurologia, Nefrologia, Transplante de Medula Óssea, pesquisa com células-tronco, entre outras. O pioneirismo do Hospital São Rafael marcou a saúde na Bahia, sendo o primeiro hospital brasileiro a oferecer terapias como a litotripsia extracorpórea e um dos primeiros a instalar equipamentos de alta tecnologia, como acelerador linear, ressonância magnética, tomógrafo computadorizado. No Nordeste, foi o primeiro a adquirir o PET/CT, para o diagnóstico precoce do câncer. Na Bahia, foi o hospital que iniciou o tratamento a laser para tumores da próstata, por meio da aquisição do Green Light HPS. Em 2009, o HSR inaugurou o Centro de Biotecnologia e Terapia Celular (CBTC) do Hospital, que tem como objetivo aumentar as pesquisas básicas e aplicadas na área médica e biomédica, visando ao desenvolvimento de novos protocolos terapêuticos, com enfoque especial na utilização de terapia celular para o tratamento de doenças degenerativas e traumáticas, tais como cardiopatias, lesões crônicas do fígado e trauma raquimedular.