Das Training bei Genbukan basiert hauptsächlich auf folgenden drei Disziplinen, welche auch die drei Säulen des Ninpo genannt werden: Taijutsu – waffenloser Kampf Biken-Jutsu – Schwertkampf Bo-Jutsu – Stockkampf Der Begriff Taijutsu bezeichnet alle Arten der waffenlosen Verteidigung und kann ferner unterteilt werden in Taihen-Jutsu (Körper-/Fluchttechniken), Ju-Taijutsu (Grappling-Techniken), Daken-Taijutsu (Schlagtechniken), Kosshi-Jutsu (Angriffe auf empfindliche Körperstellen) und Koppo-Jutsu (Angriffe auf Knochen). Man lernt verletzungsfrei zu fallen (Ukemi-Gata), ausweichende Beinarbeit (Tai-Sabaki), zu blocken, schlagen und treten (Daken-Taijutsu), mit dem Gegner zu ringen und ihn zu werfen (Nage-Jutsu), aus Hebeln und Würfen zu fliehen (Tai-Gaeshi), Hebel und Haltegriffe anzuwenden (Gyakute-Waza) und Würgetechniken (Shime-Waza). Es werden Techniken unterrichtet, die sich über Jahrhunderte entwickelt und bewährt haben.