Actualmente el Campus Morelos, está integrado por: el Instituto de Biotecnología (IBT), el Instituto de Ciencias Físicas (ICF), el Centro de Ciencias Genómicas (CCG), el Instituto de Energías Renovables (IER), la Unidad de Matemáticas, adscrita al Instituto de Matemáticas, todos ellos adscritos al Subsistema de la Investigación Científica. También forma parte del Campus el Centro Regional de Investigaciones Multidisciplinarias (CRIM), adscrito al Subsistema de Humanidades.