A Instituição começa a ser idealizada em dezembro de 2001 como parte de ações integradas para gestão ambiental em Poços de Caldas. Neste primeiro momento pensava-se o Jardim Botânico apenas como um órgão ligado à administração pública municipal que pudesse concentrar todas as providências relativas à manutenção de Parques e Jardins, Unidades de Conservação e Implantação de Parques em áreas de propriedade da Prefeitura. Para melhor compreensão dos objetivos de um Jardim Botânico a administração promove em dezembro de 2001 um seminário para aprofundar as discussões e também difundir a idéia da criação desta instituição. Como fruto deste seminário temos a criação da Sociedade dos Amigos do Jardim Botânico e também a criação de uma Comissão Executiva encarregada de organizar a formação física, administrativa e legal do Jardim Botânico. Uma das responsabilidades desta Comissão foi a escolha da área para implantação, uma vez que havia três ofertas para recebimento em doação: margens da Represa Saturnino de Brito (proprietário - DME); Retiro dos Carneiros (procurador do proprietário - Rio de Janeiro Imóveis) e Campo da Cachoeira (proprietário - Irmãos Ribeiro Comércio e Exportação Ltda.). A escolha da área próxima ao loteamento Campo da Cachoeira baseou-se nos atributos naturais da área, que apresenta relevante beleza cênica, matas ciliares conservadas, campos nativos e topografia razoável, além da proximidade com o Criadouro Científico de Aves, que torna a região um pólo ecológico para o município. O trabalho desta comissão foi fundamental para a consolidação da Fundação que apoiada pela Sociedade dos Amigos do Jardim Botânico conclui seus trabalhos em junho de 2003. Em 25 de julho deste mesmo ano a Câmara Municipal autoriza a criação da Fundação com seu patrimônio inicial constituído pelas áreas em doação para implantação, através da Lei Complementar nº 37.